而且这时济南、东昌、兖州三府都是才刚刚收复，还需要一定的时间来稳定，并建立南京政府的行政机构。另外兖州城中进行了激烈的战斗，对城市建筑都有相当向破坏，而济南虽然没有发生战争，但清军撤退的时候，将城里的粮食几乎全都搜刮一空。这时城里己经断粮了，因此这两地都需要一定时间的恢复。现在周少桓己经下令，从青州调集一批粮食过来，缓解济南的粮荒。
还有一个十分重要的事情，就是处理山东起义军的问题，这次能够攻占山东，农民起义和原明将领的反正也起了不小的作用，没有他们的配合和牵制，中华军也未必能够这么轻易就取得胜利。
但在战事暂时告一段落之后，如果处理这些人，也是一个很大的问题，周少桓也是经历过明末的农民军大规模起义的时代。深知农民起义是一把双仞剑，即能危险清廷，也可以危害到中华军自身。
因为现在山东地区的农民起义军，反正军队加起来也有六七万之众。其中也不乏社会油子、地痞无赖、无业游民等人，绝大多数都没有经过什么正规训练，缺乏组织纪律性，也没有什么军纪和服从命令的观念，而且又以响应中华军抗清的功臣自居，尽管周少桓对这些队伍也三令五申，一再强调尊守军纪，不许搔扰百姓，但在初期欺压良善、强拿强要，抢男霸女的事情仍然时有发生。而且都是打着中华军的旗号进行。至于私藏战利品、哄抢清军遗留的物资，更是普遍。
不过在这一点上，周少桓和商毅的观点一致，对于军纪的执行，决不能姑息，因化下令各地的部队，发现一起就坚决处理一起，决不手软，无论是谁救请也没有用。一进济南，周少桓就连续处理十二起违纪的事情，处决的人数达六十余人，虽然很快就把这股风气给压制下去，但也确实引起了一些举义、反正领头者的不满情绪，虽然震摄于中华军的战斗力，不敢明名张胆的反对，但在私下里却是牢骚满腹，都说自己为中华军立了大功，现在中华军占领了山东，就要卸磨杀驴等等。
周少桓也知道，这一批人的数量虽然多，但都乌合之众，真要打起来，当然不是中华军的对手，但他爪毕竟是帮助中华军立下大功，不能这么粗暴简单的对待。以后在其他战场，中华军也都会遇到类似情况，如果这一次处理得不好，恐怕也会影响到以后。
当然对这些事情的处理，中华军也有自己的一套办法，首先遣散起义军队，愿意回事务农的人，发给他们一笔银圆，遣送回家，并且保证分给田地。起义军的主体还是农民，参加起义多半也是走投无路了，因此可以拿钱回家，分给田地，自然大多数人都愿意，于是一下就散去了七八成。
那些举义、反正领头者虽然不满意，但在中华军的兵威逼迫之下，也不敢轻举妄动，加上中华军这么一来，人心散了，队伍也不好带了，也只好认了。对这一批人，也要给予一定的安抚，愿意留下来的举义军士兵，则全部做为预备军，进行训练，通过考核，才能成为正式的中华军士兵，通不过的，可以转为当地民兵，维护地方治安。
而对领头者，也都授于一定的军衔，但想成为正式的中华军，一样要参加训练，当然也可以选择在地方上出任行政职务。这数管齐下，也就可以将举义军的隐患消除。但需要时间来一步一步解决。
六月中旬，山东军区收到南京的公文，首先对山东军区进嘉奖，也批准迁移司令部的打算，并让他们好好修整，准备接下来的战斗。而在最后，通知山东军区，大约将在一个月之后，商毅将亲自到山东，进行视查。
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