但河南、福建、广东、广西这四个省却都是刚刚才收复，有不少地方连行政机构都没有建全，致于县学、私塾更是十缺八九，因此就是举行科考，也只是长江沿岸的几个省份玩，不具备代表性。因此还是等全国统一之后，再正式举行全国统一的科考。
商毅也同意内阁的意见，不过他想深了一层，就是对科举进行一次革新。
尽管商毅也知道，科举制度确实存在着不少的弊端，但也不打算彻底取消科举制度，因为商毅也找不出一套比科举更好的选拨官员制度。这就好比在另一时空里，尽管越来越多的人对高考制度口诛笔伐，强烈攻击，但却还是要一年一年的办下去，因为不管怎么骂，谁也拿不出一套比高考更合理的制度出来。
科举制度发展到明朝，各种规则，制度己经十分完善了，而且也确实是一种相对比较公证的官员选拔制度，直接从民间提拔人才，打破贵族世袭的现象，以整顿吏制。相对于世袭、举荐等选材制度，科举考试无疑是一种公平、公开及公正的方法，改善了用人制度。
因此自宋以降，中国的主流官员基本都是通过科举产生，而且在宋朝的宰相、明朝的内阁大臣、清朝的汉族军机大臣，不仅要是通过科举产生，而且还必须是一甲进士的范围内产生。在明朝中后期，就形成非进士不入翰林，非翰林不入内阁的局面。
在十八世纪的欧州各国的有识之士，都对中国的科举制度赞叹不已，因为不论出身，只要有学问，有知识的人，就可以通过考试成为官员，这是相当文明的表现。
另一方面，科举制度对于知识的普及和民间的读书风气，亦起了相当的推动作用。尽管这种推动是出于一般人对功名的追求，而不是对知识或灵性的渴望；但在客观上由于科举入仕成为了风尚，使中国的文风普遍得到了提高。而且在考生当中，除少数人能在仕途上更进一步外，多数人都成为在各地生活的基层知识份子，这样对知识的普及起了一定作用。在近代以前，中国的识字率一直高于世界水平，科举制度在其中也发捍了重大作用。因此科举本身并没有什么不对，不好的是科举的形式和內容。
商毅知道在这个时代，科举最大弊端就是形式单一、呆板，只要求考生能造出合乎形式的文章，不重考生的实际学识。而考试内容则与实际完全脱节，在宋朝的时候，科举的题目还会与时政挂勾，而文章的形式也没有俱体的要求；但到了明朝，科举的题目已经限制在四书五经的范围以內，而且还是以朱熹批注的四书五经为标准，不允许有自已的思想，内容也是纯粹的讨论道徳，同时文体必须是以八股文。结果造成了思想僵固。大部分读书人为应科考，只能钻迷在四书五经和八股文里；无论是眼界、创造能力、独立思考都被大大限制。
另外由于科举只考文章，不考其他，因此除了少数人以外，绝大多数通过科举出来的官员都会发现，自己除了能写一笔好文章之外，对做官需要掌握的一切知识都是一窍不通，只能依靠手下的师爷、书案、孔目、衙役等一干吏员来处理政务。而这帮吏员也趁机蒙上欺手，雁过拔毛，结果当然是可想而知了。
而清朝代明之后，又把科举几乎原封不动给继承下来，同时对科举的內容管得更严更紧，结果造成了中国学术界的思想全面禁锢，万马齐暗。到了清朝，无论在文学创作、或各式技术方面有杰出成就的名家，却多数都失意于科场。
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